Miguel Alonso comenzó como entrenador en el CD Moaña y de ahí pasó al Porriño Industrial. Tras esos inicios como primer entrenador se convirtió en hombre de confianza del exfutbolista Pablo Alfaro, quien le dio el cargo de segundo entrenador en sus aventuras en los banquillos en el Pontevedra, el Recreativo de Huelva, el Leganés, el Huesca, el Marbella y el Mirandés (su último equipo).

Entre medias de tanto banquillo de segunda y segunda B del fútbol español tuvo una aventura en el extranjero, donde se hizo cargo de la preparación física del campeón marroquí Moghreb Atlético Tetuán.

Su gran trabajo durante estos años le ha llevado a hacerse cargo del área de preparación física del Valencia CF, exigente y perfeccionista en su trabajo, hacen de Miguel un referente a nivel nacional en la preparación física.